横からすいませんが、これはコンパイル時のmysql_configファイルの設定の問題ですね。
試しに、僕の環境でもやってみましたが、最初同じ表記が出ましたが、下記の修正を行えばすんなり通りました。
※コンパイラの情報などが無いので、何を使われているのかがわかりませんが、デフォルトのままであればGCCですので、その前提で記載しています。
/opt/csw/mysql5/bin/mysql_config
のcflagsの行を、-mtを-pthreads に置き換えて、-xtargetを削除、
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cflags="-I$pkgincludedir -Xa -pthreads -D_FORTEC_ -xO3 "
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という感じに修正。
で後は、
$ ./configure --enable-server --with-mysql
です。
ちなみに、crleでライブラリパスを少しいじっているので、環境が同じかどうかはちょっとわかりません。もし、うまく通らないようでしたら、crleの出力結果を合わせて記載してもらえると、他のユーザーの方にもわかりやすいと思います。
あと、こういった質問は、Zabbixのサポートページをまず確認された方が宜しいかと
下記に同様の話題について記載がありました。
http://www.zabbix.com/forum/showthread.php?t=6221